2004 yılında kürsü olarak AKÜ Mühendislik Fakültesi çatısı altında açılan Afyon Kocatepe Üniversitesi Gıda Mühendisliği, aynı yıl bölüm olmuştur. İlk öğrenciler, 2005-2006 eğitim yılında alınmış ve ilk mezunlar 2008 yılında verilmiştir.
İkincil öğretime 2008-2009 öğretim yılında başlanmıştır. Bölümümüzün yüksek lisans programına 2006-2007, doktora programına ise 2010-2011 öğretim yılından itibaren öğrenci alınmaya başlanmıştır.
AKÜ Gıda Mühendisliği Bölümü, Gıda Bilimi ve Gıda Teknolojisi olmak üzere iki ana bilim dalından oluşmaktadır. Bölümümüzde 2 Profesör, 3 Doçent, 4 Doktor Öğretim Üyesi, 2 Araştırma Görevlisi Doktor ve 1 öğretim görevlisi olmak üzere toplam 12 akademik personel görev yapmaktadır.